Những phát hiện khảo cổ cho thấy dấu vết của Dijon vào thời đại đồ đá mới. Dijon sau trở thành một vùng định cư của Đế quốc La Mã gọi là Divio, có nghĩa là "đài phun nước linh thiêng", tọa lạc trên con đường từ Lyon to Paris. Thánh Benignus, thánh quan thầy của thành phố, được cho là đã giới thiệu Thiên Chúa giáo cho người dân nơi đây.

Đây là nhà của dòng họ Dukes xứ Burgundy từ đâu thế kỷ XI đến cuối thế kỷ XV, và Dijon là một nơi giàu có, phồn thịnh, là một trong những trung tâm nghệ thuật, học tập và khoa học của châu Âu. Cung điện của dòng họ Dukes — Palais des Ducs — nay là Tòa thị chính một bảo tàng anghệ thuật.[2]

Năm 1513, quân đội Hoàng gia Thụy Sĩ xâm chiếm Burgundy và bao vây Dijon, lúc ấy được bảo vệ dưới sự chỉ huy của tướng La Trimouille. Cuộc bao vây vô cùng bạo lực nhưng thành phố vẫn đứng vững. Sau nhiều cuộc đàm phán, Louis II de la Trémoille thuyết phục đội quân rút quân và trao trả ba con tin bị giam ở Thụy Sĩ. Trong cuộc vây hãm, người dân đã cầu nguyện vào Mẹ Maria và cho rằng thành công của thị trấn là một phép màu.

Dijon cũng từng bị chiếm đóng bởi liên minh chống Napoleon vào năm 1814, bởi quân Phổ 1870–71, và bởi Đức Quốc xã vào tháng 6 năm 1940, trong chiến tranh thế giới thứ hai, khi nó bị đánh bom bởi không lực Mĩ,[3] trước khi được giải phóng nhờ quân đội Pháp, 11 tháng 10 năm 1944.